乾隆二十年（1755年），清廷平定准噶尔汗国，解救了身陷囹圄、被迫率众为准噶尔汗国服劳役的白山派领袖大小和卓布拉尼都、霍集占兄弟。在解救两人之后，清廷出于对回部的怀柔政策，决定对两人委以重任，就将大和卓布拉尼都“送归叶尔羌，使统其旧部”，而小和卓霍集占于“伊犁掌回务”。清廷本想对他们以“藩部”待之，让他们用自己的影响力效忠清廷，不料大小和卓狼子野心，小和卓霍集占自立为“巴图尔汗”（英勇汗），说服自己的哥哥布拉尼都反清自立，并在库车杀害清廷驻疆的副都统阿敏道发动叛乱，传檄各城回众对抗清廷中央。乾隆二十三年（1758年）春，清廷出兵平叛，为时一年多叛乱才告平定。其中，黑水营之战是整个平叛战争的关键转折点。

乾隆二十三年（1758年）五月，在基本平定阿睦尔撒纳之乱后，清廷任命兵部尚书雅尔哈善为靖逆将军，率领八旗、索伦、吉林、察哈尔、绿营、回部、外藩蒙古兵8000至9000人征伐大小和卓，包围了北疆通往南疆的重要城镇库车城。这场攻围战作为平叛的首战因为清军统帅雅尔哈善的无能，打得可谓是一波三折。

雅尔哈善率清军在乾隆二十三年（1758年）五月初六围城。鉴于库车回城“虽系土筑，颇属高坚”，“城依山岗，以沙土柳条筑成，炮攻不入”，在招抚和强攻之策不能奏效后，遂决定对库车城进行长期围困。

而正当清军对攻城一筹莫展之际，小和卓霍集占率众6000人从东北和西南两路对守城清军发动进攻，意图解围。对于这次进攻破围，小和卓霍集占明显玩起了声东击西。其中，从东北向清军进攻的回众大概为3000人左右负责辅助佯攻，从西南向清军进攻的大概为3000人，由霍集占亲自率领，主攻破围。

六月十五日，清军蓝翎侍卫达克塔纳带领绿营兵180人率先在城东发现叛军辅助部队行踪。叛军分出400多人追击达克塔纳，达克塔纳边与敌军周旋，边派人向大营送信。次日，清军2400人赶到预定战场，以绿营、维吾尔兵居中，满洲、索伦、蒙古骑兵分列两翼，占据制高点应战。双方先以火器对射，在叛军发起冲锋之前，清军在火力掩护下率先向叛军进攻，顷刻间，箭雨、铅子向叛军猬集而来，叛军被清军冲垮，“贼众大乱，拥挤沟中”，用长枪刀剑格斗。双方从中午战至午后，叛军总计被歼灭2000人，被缴获驼马1100多只，鸟枪1000多杆。叛军的辅助性部队完全被清廷歼灭。

霍集占

与此同时，在十六日黎明，霍集占率叛军3000人（霍集占总共征集了5000兵马，其中有伊犁带来回众2000人，贸易缠回500人，阿克苏、乌什马步兵2000人，分出2000人由布拉尼都率领扼守喀什噶尔）从西南方向清军发动进攻。此部既然为叛军主力，显然西南部的战斗比东北部更加吃紧，不过霍集占率领的叛乱回众在野战上明显不如训练有素的清军，很快就被清军分割包围并击溃，清军副都统爱隆阿等“率吉林及索伦兵千骑逐贼至鄂根河侧”，叛军被击杀高达1600余人，霍集占左肩中箭，率领数百人逃入库车城中。混乱中，清军并没有意识到敌军主帅已经入城，给后来的放虎归山埋下了隐患。

两次野战，清军凭着战斗素养和兵器优势以极小的代价完全碾压了叛军。但攻城战却陷入了便秘之中，围困了将近两月，叛军城防都未松动。雅尔哈善立功心切，听取了提督马得胜的建议，命军挖地道埋炸药炸塌城墙，突入城内。七月十七日，地道挖至离城2丈处，估计两天后可完成，清军就放松了警惕。谁知清军挖地道的行动被城中守将阿卜都克勒木伯克发现，在十七日夜，他派出掘地小分队在离城10丈处横开大沟，迅速将柴火薪木填入清军作业处，“焚死掘地兵十余名”。

眼瞅着库车久攻不下，清高宗意识到了雅尔哈善能力那是相当不够，情绪日益焦躁，遂命定边右副将军兆惠在追剿准噶尔残部事宜完成后，接替雅尔哈善征讨回部。尤其让他“惊喜”的是，首恶霍集占居然从库车城中突围而去，身为主帅的雅尔哈善懵懂无知，导致放虎归山。六月十六日，霍集占救援库车失败，把自己也陷进了城里。六月十八日，组织300多骑兵，500多步兵于西门突围，围城清军叠放枪炮，霍集占连续两次突围失败（此时尚不知霍集占在城内）。

哨探队副都统顺德讷建议诱敌出城，伺机消灭。令撤西门围城之兵，企图来个围三缺一。孰料二十四日，霍集占在三更时分率领精兵数百人正是从西门逃脱而去。守卡清兵立即向顺德讷汇报此事，顺德讷居然回答说：“昏夜如何追贼，且俟天晓。”等天亮追击，一切都晚了，霍集占早已跑远。直到第二天，才从投降回处得知突围者为霍集占。

这场围城战直到当年八月初六才结束。八月初六，弹尽粮绝的库车城民众3600余口投降，守城主将阿卜都克勒木也在此前逃脱。历时长达三月之久的库车围城战宣告结束。

爱新觉罗・弘历

在战役结束后，愤怒的乾隆帝历数雅尔哈善失机之罪，所谓“雅尔哈善坐视贼酋窜逸，顿兵城下，不异守株待兔。前后奏报，情词矛盾，惟图左支右梧”，命兆惠抵达库车军营后，差人将雅尔哈善、顺德讷、哈宁阿等人押解回京问责。最后，雅尔哈善等人被处以死刑。

乌雅・兆惠，满洲正黄旗人，是清世宗生母乌雅氏的族孙，参加过第一次金川战役、平定准噶尔战役。自乾隆二十三年（1758年）二月以来任定西将军，这段时间一直在清剿准噶尔余寇。乾隆二十三年（1758年）八月初五，其接到乾隆谕旨，立刻就挑选健卒，备壮马800匹于初九日自伊犁地区启行，八月二十五日驰至阿克苏负责进剿事宜。

而在库车城被攻破后，阿克苏城也认清形势拒绝霍集占向清朝中央投降。阿克苏的顺利收复，让清高宗的心情爽了一把，对未来战局估计相当乐观，以为叛军至此人心瓦解，叛乱可一鼓而定。遂让兆惠把握战机，速速进兵，“看来回众俱怀二心，我兵所至，自必相继迎降，兆惠其迅速前进，遵照节次谕旨，奋勉办理”。

在兆惠到达阿克苏后，一面招抚乌什，一面立即进兵图尔璊城，乌什伯克霍集斯献城迎降（此前，霍集斯被霍集占劫持至图尔璊）。此时，清军已经控制阿克苏、乌什、库车、拜成、赛里木等地。清高宗对兆惠的奋勇直前很是嘉许，并对未来局势更加乐观，“看来回部诸城，自必闻风归顺，逆贼不日就擒”，鼓舞兆惠更加勇敢地向前挺进。清高宗如此急切，盼望着捷音早奏，大小和卓授首阙下。做为臣子的兆惠自然不敢怠慢，遂率领健锐营兵1000名，索伦兵2000名，察哈尔兵1000名迅速出发，越过戈壁，衔枚前进，跋涉1500里，直逼大小和卓的大本营叶尔羌。

十月初三，兆惠抵达叶尔羌城东40里的辉齐阿里克，晚间派人抓住回人一名，得知了叶尔羌城及其附近的兵力部署：小和卓霍集占率兵驻守叶尔羌城，兵力为“厄鲁特、布鲁特、伊犁回人有马者五千余名，步行人甚多”，而大和卓率马步兵10000人在距叶尔羌城60里地的当噶勒齐驻守，闻知清军到来，早已坚壁清野，并声称霍集斯伯克已经为清廷所杀，想激起仇恨来团结回众（据兆惠事后奏报称大小和卓的叛军总数应该为2万人）。

乌雅・兆惠

兆惠率领的清军共有4000人，主要由健锐营、索伦兵、察哈尔兵组成，长于野战，但面对优势数量敌军坚守的叶尔羌城强攻显然不足，叶尔羌城也比库车城大得多，有12个城门，4000兵力只能攻其一面城墙，其部下远道而来，又非常疲乏。鉴于无法速胜的事实，兆惠遂分兵扼守城外敌兵南逃各个要隘，其本人则领兵攻击城中之敌，诱其出战。并四处搜刮城外村庄，发掘窖藏粮食，收取山谷间放牧的牛羊，解决军需问题。同时，又上奏要求将驻守库车、赛里木、拜城的绿营兵丁赶来增援并调拨马匹3000以加强部队，只不过这些增援的到达需要极长的时间。

十月初六，清军率先展开进攻，与叛军发生小规模战斗，兆惠带领2000兵众至城外五六里夺下高台一座，直逼东城墙，叛军自两门各出400到500骑兵与清军对阵，兆惠派小队骑兵引诱敌军欲其离开城池一二里截杀，孰料叛军并未上当，仅派20到30骑应战。明瑞、温布率兵奋勇接战三次后，叛军又出兵300到400人策应，随被清军阻击退入城中。是役，叛军被清军击杀20多人，清军受伤者亦为19人。

兆惠计算敌我情形，做出了敌军攻不足守有余的判断，遂于城东南叶尔羌河滨有水草、形势有利处安营扎寨，这条河名为黑水河，故记载兆惠的营地为黑水营。除了布置大营外，十月初十日，兆惠闻知靖逆将军纳穆札尔、参赞大臣三泰将至，让副都统爱隆阿遣兵800往迎，并防范喀什噶尔来援之敌并巡查往阿克苏的台站，保证畅通，兆惠的兵力遂只有3200人。随即其又从俘获回众的口中获得一个重大情报，城南的英峨奇盘山有“霍集占牲只”，于是决定放个大招，夺取这些牲畜补充军食与叛军相持。

十月十三日，兆惠领兵1000余骑意图夺桥渡河。而霍集占早已隔河结阵准备，叛军的骑兵基本倾巢出动，有4000到5000名，骑兵的后面是数量众多的手持刀斧、棍棒等器械的步兵，连城外的壕沟处都有叛军步兵手持鸟铳准备打击清军。从叛军的数量和布置上来看，霍集占显然是有备而来，以牲畜引诱清军前来并聚而歼之。

兆惠见敌有备，亲率骑兵500名过桥渡河发动冲锋，拟擒贼先擒王，直取叛军首领霍集占。刚过400名骑兵，木桥发生坍塌，清军索伦、察哈尔马队仍然奋勇直前，击退叛军骑兵。叛军步兵则用鸟枪阻击清军冲锋，叛军骑兵在正面被清军击败后，复从两翼夹击，意图围歼这支只有数百人的清军部队，清军形势十分被动，被分割包围成数处各自为战，奋力拼杀。主帅兆惠坐骑中枪倒毙，易马再战，又毙，其面部和小腿均被弹丸所伤，清军且战且退，涉水撤往大营，陷于泥淖者甚多，阵亡者高达100多人，受伤者不计其数，总兵高天喜、侍卫鄂实和特通额、副都统三格全部战死，在付出惨重代价后，清军才撤回大营。

而与副都统爱隆阿会合的靖逆将军纳穆札尔、参赞大臣三泰率领骑兵250人于十四日闻叶尔羌方向枪炮声，遂赶去支援。后遇敌3000人，寡不敌众，纳穆札尔、三泰、侍卫奎玛战死。副都统爱隆阿一面维护台站，一面向前，抵达阿克苏后与舒赫得商议救援事宜。

兆惠撤回大营后，一面抗敌，一面加固大营。随后，叛军转守为攻，以步骑兵1万多人将大营团团包围，兆惠欲突围而不能，就地坐守与叛军相持，并前后两次派索伦兵勇猛者突围而出去阿克苏求援。

霍集占也命叛军在兆惠的营垒在建设长围，做长期围困部署。在相持期间，双方可谓是斗智斗勇，霍集占命人立高台用重型火绳枪杀伤清军，兆惠亦立高台应之，与敌对射；霍集占运用水攻，从上游掘开叶尔羌河堤，水淹清军大营，而兆惠也麾兵挖掘沟渠，将河水引入下游，反而方便了清军取水；叛军又着苇衣，掘沟潜伏，企图偷袭清军，被清军识破后，以火攻击退。大营中树木，还有草船借箭的妙用，敌军的每波攻击，都在树木中留下大量弹丸，“营中拾取贼人枪炮铅丸万亿，每斫一木，即坠落无数”。其又派人袭击叛军牲畜，收获马匹、驼只1000余，有掘地得米20余窖，每窖一、二石，也缓解了军粮之急。据《啸亭杂录》、《簷曝杂记》记载，清军甚至有“出掠回人充食”的行为，毕竟为野史所记，《平定准噶尔方略》所不载，可信度存疑。

为了扭转被动局面，兆惠还不时发动反击。在日暮之时，“将军领兵纵火，夺取贼人营垒两处，收账房六十余架，剿杀看守人众过半”。博罗泥都、霍集占眼瞅着久围不下，而所占据的城池喀什噶尔又被参赞大臣舒赫德派去布鲁特人所袭扰，就派人前去兆惠营中议和。两和卓的议和之举让反而让兆惠看到了他们的黔驴技穷，遂断然拒绝，“尔等小丑，何敢以和好为词”，增强了兆惠坚守待援的决心，随着时间的推移，清军支援越来越近，形势对叛军越发不利。

兆惠被围困的消息于乾隆二十三年（1758年）十一月十三日接到兆惠的求援信，得知了兆惠被包围的消息，他即谕告军机大臣，宣言虽然兆惠陷入包围是由于轻敌的原因，但“亦恐朕责其怯懦，若当日令伊暂驻阿克苏，候兵马齐集，当不至此，然于现在情形，亦未为失策”。第二次接到兆惠救援信后，乾隆皇帝更是主动承担责任，“向来之轻视逆回，乃朕之误，又何忍以妄进轻敌为兆惠责乎”，并晋封兆惠由一等武毅伯为“武毅谋勇”一等公，并赏红宝石顶、四团龙补服。

接下来的焦点就集中在解黑水营之围上，乾隆帝下令在原参赞大臣富德为定边右副将军，已升为工部尚书的舒赫德、副都统阿里衮、爱隆阿等人领兵迅速前往黑水营破围，解兆惠之困，“无论何队兵丁，惟择马力有余者，作速前往”。

十二月初四日，工部尚书舒赫德与副都统爱隆阿率领健锐营、察哈尔蒙古兵、索伦兵、绿营兵共3500人、马1700匹从阿克苏出发前往解围。十六日，定边右副将军富德亦率5000名士兵抵达阿克苏，可能由于马匹数量不足的原因，他挑选所部精锐300名，兼程追赶，终于在二十五日与舒赫德会合，舒赫德遂将全军指挥权移交于富德。二十九日，富德从俘虏口中得知霍集占已经知道援兵已到，正全力攻打兆惠营寨，其即命全军全速前进增援破围。

乾隆二十四年（1759年）正月初六，行军至呼尔璊，已见大和卓布拉尼都率骑兵5000人占据高岗布阵。3800名清军随即列阵迎敌，清军以枪炮为掩护，发动骑兵冲锋。从上午巳时战斗到下午申时鏖战十余会合，叛军才开始溃败。清军趁机再次发动强攻，猛追溃敌15里，追杀100多人，最后，马力不及，才觅水安营。清军清点战马，仅剩100余匹。

次日，继续西进，行至戈壁，见一高地亦有敌军，清军随即发枪炮攻击，叛军退避。初八日，叛军得知清军缺乏马匹，不时袭扰。此时的增援清军严重缺水，只能吞噬冰雪解渴，且行且战。到初九日晨，抵达叶尔羌河河口，富德为了争取破敌，决定在晚上以仅存战马50匹载50名精锐士兵，配以步兵200名偷袭叛军营地。

偷袭清军在晚上接近敌营时，恰好都统阿里衮、鄂博什率领600士兵赶着1000匹马、骆驼400头而来，两军会合后，趁着马力充沛，当晚冲杀敌军。大和卓布拉尼都未料清军袭营，仓促应战，相当狼狈，自己也身负重伤，“鸟枪伤肋”，被人抬着仓皇逃回喀什噶尔。此役，清军转战200余里，歼灭大和卓布拉尼都所部1000多人。十三日，富德整备兵马继续进攻，“败贼数次”，歼灭叛军200到300人，叛军见大事不妙，歼灭被围清军已无可能，遂渡河退往叶尔羌城内。

而被围困中的兆惠听到北边传来枪炮声，知道救兵已至，遂令全军奋力突围“杀贼千余，尽焚其垒”，两军会合，黑水营之围终得解除，返回阿克苏休整，此时兆惠已被困3月有余。

黑水营之战是清朝统一南疆过程中最为重要、艰巨的一场战役，此战之后，叛军从此士气低落，军心瓦解，为下一阶段平叛战争的节节胜利奠定了基础。