1875年5月，清政府任命左宗棠为钦差大臣，负责领兵收复新疆，消灭盘踞在那里的阿古柏匪帮。很快，左宗棠在湘军集团中的6万旧部开始集结肃州（今甘肃酒泉），连同原驻塔城、哈密的万余部队，左宗棠手中已经握有7万之众。

为了适应新疆地区作战后勤补给线长、运输困难的特点，左宗棠将麾下部队重新整编为100多个营，每个营配备作战勇丁大约500人和后勤兵200人，马队每个营则有250人和250匹战马。当1876年7月下旬清军大举西进时，80余个营出战新疆，而坐镇肃州城指挥全局的左宗棠手中则掌握着20个营的预备队。

阿古柏方面则约有5万余兵力，其中骑兵约占1/3，装备火枪、腰刀；另外的2/3步兵则也装备了火枪。这些火枪中，除了已经过时的火绳枪这种古老火器之外，约有从英属印度和奥斯曼帝国获得的1万多支恩菲尔德M1853前装线膛枪和恩菲尔德M1866后装线膛枪。

由于阿古柏是以浩罕汗国亡国后的残兵起家的，因此浩罕人在其军队里享有特权:15个最高级军官“爱米尔”中，14个人来自浩罕汗国。为了笼络这些追随自己亡命的浩罕军人，阿古柏在占领区恢复了落后的军事封建采邑制度。军官们按不同级别领有相应大小的采邑。

这些人不拿阿古柏的工资，其收入来自于辖区征收的赋税，数额多少完全取决于这些人的意愿，或者说是良心。可想而知，在这种制度下，新疆人民要遭遇怎样的盘剥了。