针对大陆渔船翻覆2死事件，马英九执政时期的两位核心智囊苏起与赵春山均发表看法，苏起建议，台湾安全单位要赶快研拟包括金厦水域、台海海域等可能出现冲突的各种远近海空剧本，制定应对SOP；赵春山则表示，事件涉及两条人命，如果真的没有监控或是录影，那必须严厉惩处海巡相关人员。 前“国安会”秘书长苏起接受台媒专访时认为，事情演变至今，当前最重要的是，“国安会”、“国防部”与“海巡署”等相关单位赶快做两件事情。首先是设想好未来可能的冲突剧本，做好沙盘推演；其次，根据设想的场景，制定应对方式的SOP（标准应对程序），才能完善装备及训练，避免情势升高。 苏起解释，现在是大陆海监船进入金门的“禁、限制水域”，未来大陆海警会不会也进来呢？这是近海的剧本，那还有所谓台湾海峡的剧本，甚至是台湾本岛的剧本，不只如此，还有所谓空中的剧本，大陆军机会不会直接飞越台湾上空？这些远近海空剧本都是“国安”单位必须要先设想好。 苏起直言，大陆目前最感冒的还是蔡英文“两岸互不隶属”的说法，这次事件表面是冲撞“禁、限制水域”，实际上是针对“两岸互不隶属”的路线。 “亚太和平研究基金会”首席顾问赵春山接受港媒访问则指出，这次金门渔船事件，蔡当局危机处理很不行，怎么不公布当时处理的录影？怎么可能没有监控系统？这是涉及两条人命，如果真的没有监控或是录影，那“海巡署”的人应该要被严厉惩处，一定要查办海巡相关人员。 对于此次事件导致两岸紧张升温，赵春山表示，从“海峡中线”模糊化、否定“禁限制水域”等作为，大陆一直在抹除过去两岸建立在“九二共识”上的双方默契，而一旦执法巡查走向“常态化”后，擦枪走火的风险将有增无减。 赵春山认为，现在两岸不对话，又没有“九二共识”，类似金门渔船事件的问题会越来越多，越来越严重，依照目前两岸情势发展，他对于两岸关系未来发展很悲观。他认为，两岸目前只能避免冲突，赖清德做什么都已经无法改善两岸关系。