1866年9月28日深夜，甘肃巩昌府东南城墙处突然喊杀声震天，两千余名河州回军精兵以云梯攀城而上，守军猝不及防。清军副将喻正祥仓促组织抵抗，但防线迅速崩溃。知府王锡麟与县令孟钟瀛见大势已去，相继自尽殉城。回军破城后，城内陷入混乱，约两千平民在混乱中遇害。 五日后，清军总兵傅先宗率部伪装成回军部队，混入城内，迅速控制关键街道，与滞留城内的回军展开激烈巷战，回军措手不及，被迫撤出城外。 1866年5月25日，青海民和县牛站堡守将何德彪率民团据守城堡，河州回军首领马占鳌亲率万余兵力发起猛攻。回军调集火炮持续轰击城墙，同时工兵在城下秘密挖掘地道。当装满火药的棺材被送入地道引爆时，整段堡墙被炸飞数十米，烟尘蔽日。缺口一开，回军蜂拥而入。守军虽拼死抵抗，终因寡不敌众全军覆没，何德彪仅以身免。当地至今流传着城墙崩塌时的骇人景象。 早在1865年7月，河州回军已攻入洮州境内。藏族土司杨绣春率部抵抗，兵败被杀，新旧两城相继陷落。藏族武装虽组织数次反攻，均未能收复失地。此后，十三名以屠宰牲畜为业的回族青年在头目丁永安策动下起事，突袭清军营地，副将冯光明等将领当场阵亡。 1867年9月，兰州城防骤然吃紧。两千余回军精锐突袭省城外围，陕甘总督穆图善亲率八旗马队前往截击。在五泉山附近峡谷中，清军遭伏击，骑兵陷入包围。回军占据两侧高地，滚木礌石齐下，箭矢如雨。清军骑兵在狭窄地形中无法展开冲锋，伤亡惨重，穆图善仅率残部突围。得胜的回军乘势推进至龙尾山，兰州城墙已清晰可见。但因缺乏重型攻城器械，面对坚城难以突破，最终选择撤围而去。穆图善在奏报中痛陈：“贼氛逼近省垣，甘肃全局震动。” 1868年2月，清军集结重兵反攻狄道州（今临洮）。傅先宗、王得胜率前锋部队与回军展开激烈攻防。王得胜在攻城时中箭负伤，傅先宗独力支撑战局。直至4月，黄金山、善保等将领援军抵达，清军方以优势兵力破城。正当清军准备乘胜进击时，回军首领马占鳌突然遣使请降。穆图善虽疑虑其诚意，但鉴于河州回军主力尚存，且宁夏马化龙部威胁侧翼，只得暂受其降。双方达成脆弱停火协议，但均未解除武装。 诈降期间，河州回军并未停止扩张。1868年10月，他们分兵突袭碾伯（今乐都）、平番（今永登）等地，清军防区处处告急。穆图善原定集中兵力进剿河州的计划彻底落空。此时回军实际控制区已从河州延伸至平番、洮州，形成横跨甘肃西南的割据势力。1870年穆图善奏折中承认：“河州逆回实为甘肃心腹之患。”