《明朝那些事儿》是一部深入浅出、通俗易懂的明朝历史科普作品，受到了广泛的欢迎和极高的评价。然而，这本书在对成化年间的历史描述中，的确存在着一处显著的瑕疵。书中重点批判了明宪宗朱见深，指责他昏庸无能，沉迷于年长一辈的万贵妃，宠信奸臣宦官，搞得朝政和后宫一片混乱。结果，历史上明明是有着显赫文治武功、在中兴大明方面做出巨大贡献的明君朱见深，却在许多读者的印象中成了昏庸的君主，实在是该书的一大缺憾。

事实上，所谓的“夺门之变”并非是指当时已经病重垂死的明代宗朱祁钰被剥夺了皇位，而是指朱祁镇夺取了他长子朱见深的皇位。当时，孙太后和名将于谦实际上都支持朱见深继位，因此朱祁镇在试图铲除于谦时，不仅是为了报复，也是在警告自己母后和长子，要彻底断绝他们在朝中的支持。景泰帝朱祁钰身患重病，而他的唯一亲生儿子“怀献太子”朱见济早逝，使得国家陷入了继承危机。按皇明祖训，最适合继位的人是当时太上皇朱祁镇的长子朱见深，尽管朱见深几年前已被废除太子之位，改封为沂王，并在皇太后孙氏的保护下过着隐居生活。

朱祁钰的朝臣们，尤其是几年前支持废除朱见深的权臣，深知朱见深一旦继位，可能会为当年的“废太子”事件复仇，因此他们开始策划迎立其他藩王。兵部尚书于谦与内阁重臣商辂等人商议，提出了《复储疏》，建议复立朱见深为太子，这样有望稳定朝政。虽然此举最有利于国家的未来，但它却与朝中权臣石亨、徐有贞等人的私利发生冲突。于是，在《复储疏》递交礼部后不久，石亨、徐有贞和曹吉祥等人联合发动了“夺门之变”，打开宫门迎接朱祁镇，最终策动了政变。

朱祁镇在南宫被囚禁多年，心中充满复辟的渴望。与石亨、徐有贞等夺门一派达成了政治交易：一方恢复皇位，另一方获得朝政权力，并且除掉阻碍他们的忠良如于谦。朱祁镇深知自己在复辟后的行为，像是杀害忠臣于谦、废除明代宗帝号等，终究是错上加错，若朱见深即位，这些行为都会被清算。然而，为了尽快安抚朝堂和民心，朱祁镇在复辟后立即将朱见深立为太子，这也是他无法回避的政治压力。

与此同时，朱祁镇虽然在复位后心有余悸，却也渐渐增加了对德王朱见潾的培养。他让没有子嗣的钱皇后照顾德王，意在增强其政治资本，减少日后孙太后干涉自己权力的可能。六年后，孙太后去世，朱祁镇逐渐恢复了过去被废除的胡皇后后位，并开始把德王捧上更高的位置，甚至向内阁首辅李贤询问是否应该废除朱见深的太子之位，改立德王。然而，朱祁镇在这过程中并未有太多时间进一步实施这些计划，他很快便去世，若他活得更久些，朱见深是否能顺利即位，朝政是否会因此发生动荡，仍然难以预测。

朱祁镇去世后，朱见深继位成为明宪宗，他在即位后不久便召回了曾被流放的商辂，任命他为内阁首辅，并给于谦平反，赦免其亲族，恢复其名誉。同时，在商辂的支持下，朱见深恢复了对朱祁钰的帝号，并以帝王礼仪重修了朱祁钰的陵寝。作为明宪宗的朱见深，因父亲的历史负担，无法公开指责朱祁镇的不当行为，但他在诏书中表达了对父亲忠良与冤屈的悲悯，并以此为依据做出了平反。

朱见深不仅是个仁爱宽厚的君主，政治上也表现出了远超其父的能力：他平定了由朱祁镇引发的荆襄百万流民的动乱；征讨建州女真，剿灭了包括努尔哈赤祖父董山等在内的多位酋长，并救出了被掳的汉人奴隶；他还大力重用王越等名臣，亲征蒙古，成功击败了蒙古的达延汗；此外，他更召回了被朱祁镇流放的护驾功臣袁彬，重掌锦衣卫，结束了特务统治的黑暗时期。然而，书中并未提及朱见深在政治、军事上的显著成就，而是重点批判了他沉迷于万贵妃，信任宦官与权臣的弊端，这导致许多读者将他误认为昏庸的君主。

对于万贵妃“大肆残害后宫子嗣”的说法，其实来源极为可疑。最早出现这一说法的是万历年间的太监于慎行的《谷山笔尘》，但这些宫廷秘闻是否属实，且在当时便已经有学者沈德符质疑过。沈德符批驳道，太监传闻宫中秘事的言论大多不可信。而后，这些未经过证实的说法被引入《明末彤史拾遗记》，并被清朝乾隆帝的历史学者们同样否定。书中的这些传闻并没有经过严密的辨析，反而进一步加剧了历史的误解。