抗战时期（1937-1945年），国民党军队的编制体系与指挥架构：最高指挥层面，蒋介石担任军事委员会委员长，同时兼任多战区司令长官，军事委员会作为核心指挥机构统辖全国战局。 从各战役阶段的主要集团军序列及将领来看： 战略防御阶段（1937-1938）： 淞沪会战（1937）属第三战区作战范畴，蒋介石兼该战区司令长官。 右翼军总司令：张发奎，辖第8、10集团军。 第8集团军总司令：张发奎（兼），后由黄琪翔接任。 第10集团军总司令：刘建绪。 中央军总司令：朱绍良（原由张治中担任）。 第9集团军总司令：先为张治中，后由朱绍良兼任。 左翼军总司令：陈诚。 第15集团军总司令：先由陈诚兼任，后由罗卓英接任。 第19集团军总司令：薛岳。 徐州会战（1938）由第五战区主导，李宗仁任司令长官。 第3集团军总司令：孙桐萱，负责守备山东。 第24集团军总司令：先由顾祝同兼任，后由韩德勤接任。 第20集团军总司令：商震。 第27集团军总司令：杨森。 武汉会战（1938）归属第九战区，陈诚任司令长官。 第1集团军总司令：龙云（滇军）。 第2集团军总司令：孙连仲，所部为台儿庄战役主力。 第11集团军总司令：李品仙（桂系）。 第31集团军总司令：汤恩伯（中央军嫡系）。 战略相持阶段（1939-1944）： 第一战区（河南），司令长官为卫立煌。 第4集团军总司令：孙蔚如（西北军）。 第14集团军总司令：刘茂恩。 第三战区（苏浙沪），司令长官是顾祝同。 第25集团军总司令：陈仪。 第32集团军总司令：上官云相。 第九战区（湖南、江西），司令长官为薛岳。 第15集团军总司令：先为关麟征，后由黄维接任。 第19集团军总司令：先为罗卓英，后由刘膺古接任。 第27集团军总司令：杨森，其部为三次长沙会战主力。 第30集团军总司令：王陵基（川军）。 战略反攻阶段（1944-1945）： 滇西反攻（1944）中，中国远征军司令长官为卫立煌。 第11集团军总司令：先为宋希濂（参与松山战役），后由黄杰接任。 第20集团军总司令：霍揆彰（参与腾冲战役）。 湘西会战（1945）中，第四方面军司令为王耀武，辖第18、73、74军。 第18军军长：胡琏。 第74军军长：施中诚（原为王耀武部）。 敌后战场方面： 冀察战区总司令：先为鹿钟麟，后由庞炳勋接任（庞炳勋后投敌）。 游击部队：石友三、孙殿英等。 鲁苏战区总司令：于学忠。 第24集团军总司令：韩德勤（在苏北活动）。 忠义救国军：由戴笠统辖（军统直属，活动于江浙沪）。 另有部分重要将领值得关注： 张自忠：第33集团军总司令，在枣宜会战中殉国，后追授陆军二级上将。 王耀武：第24集团军总司令，后任第四方面军司令，是黄埔系名将。 杜聿明：第5集团军总司令，参与昆仑关战役。 汤恩伯：第31集团军总司令，参与南口、豫南会战。 这一时期国民党军队的编制有鲜明特点： 派系复杂，中央军（黄埔系）、桂系、滇军、川军等并存，指挥协同难度大。 集团军编制随战役频繁重组，薛岳、王耀武等名将常跨战区调动。 约百万国军开展游击战，但敌后主导权后被中共部队取代。 整体而言，呈现出“正面战场主力，敌后游击为辅”的抗战格局。
